В большинстве случаев клинически не проявляется, за исключением периодов обострения воспалительного процесса. В отдельных случаях он может давать симптомы хронического гранулирующего периодонтита в виде свищевого хода, гиперемии, отечности десны и т.д. Однако чаще субъективные и объективные (клинические) данные отсутствуют. Диагноз хронического гранулематозного периодонтита ставят главным образом на основании рентгенологических данных. Выявляется небольшой очаг разрежения с отчетливо отграниченными краями округлой или овальной формы, около 0,5 см в поперечнике. Околокорневые гранулемы чаще локализуются на верхней (63 %), реже — на нижней (37 %) челюсти. Наибольшее количество гранулем (54 %) выявляется в области моляров, затем премоляров (38 %).
Большинство гранулем, помимо грануляционной ткани, содержит эпителиальные тяжи или эпителиальную выстилку. В связи с этим околокорневые гранулемы по анатомическому строению разделяют на простые (неэпителиальные) и сложные (эпителиальные). Кистогранулема является переходной формой, которая имеет ряд особенностей, характерных для вполне сформировавшейся кисты (четкие контуры, отсутствие костной структуры в очаге резорбции кости, интенсивная тень на рентгенограмме). Однако кистогранулемы не столь велики, как кисты. Приближаясь к диаметру гранулемы, который обычно не превышает 0,5 см, диаметр кистогранулемы колеблется в пределах 0,5-0,8 см.